При эксплуатации фитостен необходимо обеспечивать оптимальное увлажнение и питание корней растений на протяжении всего периода вегетации. Одна из проблем, затрудняющая эксплуатацию – это сильная ветровая нагрузка, которая способствует иссушению субстрата и надземной части растений. Температура окружающей среды в процессе эксплуатации «зеленых стен» может иметь большую амплитуду колебаний (от - 2 до +40 °С). Интенсивность освещения при южной ориентации стен может быть очень высокой. Присутствуют и трудности, связанные с сервисным обслуживанием «зеленых стен», заменой растений, борьбой с вредителями из-за большой высоты конструкций (5-10 м) и площади (20-30 и более м2)