В 2015 году стартовал проект «Цифровой гербарий МГУ» по оцифровке коллекции. Сейчас это крупный портал, на котором размещены сканированые изображения гербарных образцов и коллекций Московского университета, Главного ботанического сада имени Н.В. Цицина и других гербариев. «Цифровой гербарий» входит в десятку самых крупных виртуальных коллекций мира. На май 2021 цифровая коллекция включает 1131343 образца. На платформе реализован поиск по различным фильтрам, что позволяет максимально быстро находить нужный образец. Для более чем 600 тыс. выполнены геопривязки: установлены GPS-координаты места сбора образца по словесным описаниям мест сбора на этикетках. Эти данные значительно расширяют круг задач, в рамках которых можно использовать данные портала. Кроме сайта депозитария, данные по распространению видов экспортируются в крупнейшую международную базу данных по биоразнообразию GBIF. Коллекция цифрового гербария пополняется за счет сканирования новых поступлений в «физический» гербарий МГУ, а также за счет присоединения к проекту новых локальных гербариев России.