Многие понятия в математике не определены полностью, а их свойства неявны, что приводит к парадоксам. Новые основы математики были сформулированы на основе концепции врожденных программ поведения и мышления. Предлагается основная аксиома математики, согласно которой любой математический объект имеет физический носитель. Этот носитель может хранить и обрабатывать только ограниченный объем информации. В результате D-процедура (кодирование любых математических объектов и операций над ними в виде кубитов), оцифровка математического объекта. Как следствие, в основе математики лежит взаимодействие кубитов мозга, которые могут выполнять только арифметические операции с числами. Доказательство в математике - это алгоритм поиска правильного утверждения из списка уже существующих утверждений. Некоторые математические парадоксы (например, Банаха – Тарского и Рассела) и 18-я проблема Смейла решаются с помощью D-процедура. Аксиома выбора является следствием эквивалентности физических состояний, выбор между которыми может быть сделан случайным образом. Предлагаемая математика конструктивна в том смысле, что любой математический объект существует, если он физически реализован. Последовательность математики обусловлена направленной эволюцией, результатом которой являются эффективные структуры. Вычисления с кубитами основаны на нетривиальных квантовых эффектах биологически важных молекул в нейронах и головном мозге.