Судостроение, осуществляющее на специализированных предприятиях и верфях постройку судов различного назначения, является стратегической, важной для национальной экономики отраслью. Однако длительность циклов разработки, постройки и эксплуатации судов, их низкая серийность и высокая капиталоемкость создают определенные проблемы, которые могут быть решены только с переходом отрасли на инновационный путь развития с технологической модернизацией предприятий. Предложен механизм управления формированием и развитием инновационной деятельности в судостроении с преимущественным применением экономических, организационных и информационных инструментов. Так как теория и методология решения данных проблем пока недостаточно развита, то предложены пути интенсификации инновационной деятельности, в том числе формирования и развития инновационного потенциала как предприятий, так и всей судостроительной отрасли в целом.