По состоянию на май 2013 года 98 населённых пунктов Индонезии имеют статус городов — ко́та. В соответствии с действующим законодательством, городской муниципалитет является автономной административно-территориальной единицей второго уровня (т.е. входящей в состав провинции или особого округа, по статусу равного провинции) и по своему статусу приравнивается к другой административно-территориальной единице второго уровня, округу — кабупа́тену.

Некоторым своеобразием отличается административное устройство столицы страны, Джакарты. Её территория выделена в Особый столичный округ с провинциальным статусом, который подразделяется на пять административных городов и один административный округ (включает группу небольших островов у столичного побережья, не имеющих городской застройки).
 

Джака́рта — особый столичный округ, столица и крупнейший город Индонезии. Расположена на северо-западе побережья острова Ява при впадении реки Чиливунг (Кали Бесар) в Яванское море.

Площадь — 664 км² (включая группу островов Пулау-Серибу). Население 9 607 787 человек (2010, перепись). Плотность населения — 14 469,56 человек на кв. км. Религиозный состав: 85,5 % — мусульмане, 5,2 % —протестанты, 4,8 % — католики, 3,5 % — буддисты, 1 % — индуисты.





 

Сураба́я  — второй по величине город Индонезии, административный центр провинции Восточная Ява. Один из основных портов страны, важный экономический и инфраструктурный центр. Расположен на северном побережье восточной Явы, в устье реки Мас (рукав более крупной реки Брантас), на берегу пролива Мадура. По состоянию на конец 2008 года в Сурабае проживает около 3,3 млн чел. Около 80 % горожан — яванцы, приблизительно по 7 % составляют мадурцы и китайцы, проживают также представители многих других народностей Индонезии.





 

Бандунг — административный центр провинции Западная Ява, Индонезия. Расположен на Яве и четвёртый по населению в Индонезии после Джакарты, Сурабаи и Медана.





 

Сема́ранг — портовый город в Индонезии на северном побережье острова Ява. Семаранг — административный центр провинции Центральная Ява, пятый по величине город Индонезии, расположен в устье реки Семаранг. Большинство населения города — яванцы, в городе существует также крупная китайская диаспора. Основные языки — индонезийский и яванский.